フリーソフト：FreeMind
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FreeMindはマインドマップ形式でノートを取ったり、アイデアをまとめたりするためのアプリケーションです。フリーで配布されており、論文やらちょっと長い文章やら書く前にざっとアイデアをまとめたりするのに便利です。
Linux、Win、Macと各プラットフォームで使用でき、フリーのソフトとしては相当完成度も高いのでディスクに1つ飼っておいても良いのではないでしょうか。